Peptidejä käytettäessä kohtaamme usein peptidin puhtauden ja peptidipitoisuuden indikaattoreita. Monet ihmiset saattavat ihmetellä, miksi heidän peptidien puhtaus on 95 %, mutta peptidipitoisuus on vain 80 %. Tämä johtuu siitä, että nämä ovat kaksi täysin erilaista käsitettä.
Peptidin puhtaus: Peptidin puhtaus viittaa kohdepeptidin määrään, joka havaitaan aallonpituudella 214 nm (214 nm on peptidiketjun absorptioaallonpituus) käyttämällä HPLC-analyysiä.
Peptidipitoisuus: Tämä viittaa peptidien prosenttiosuuteen verrattuna näytteessä oleviin ei--peptidiaineisiin.
Peptidin puhtaus viittaa HPLC:llä havaittuun kohdepeptidin pitoisuuteen aallonpituudella 214 nm (214 nm on peptidiketjun absorptioaallonpituus). Kohdepeptidin lisäksi HPLC voi havaita epäpuhtauksia, mukaan lukien: deletoidut sekvenssit (kohdesekvenssit, joista puuttuu yksi tai useampi aminohappotähde), katkaistut sekvenssit (suojauksen aikana syntyneet sekvenssit) ja epätäydellisesti suojatut sekvenssit (jotka johtavat synteesiprosessiin tai lopulliseen katkaisuprosessiin). HPLC ei kuitenkaan pysty havaitsemaan vettä ja jäännössuoloja, kuten trifluoriasetaattia (TFA) ja asetaattia. Peptidisynteesin aikana peptidisekvenssi lohkaistaan hartsista TFA:n avulla, ja pieni määrä TFA:ta syntyy myös puhdistuksen aikana. Siksi peptidin vapaa aminopää ja muut sivuketjut, kuten Arg, Lys ja His, voivat tuottaa pieniä määriä TFA-epäpuhtauksia. Toinen ongelma on kosteus. Peptidit dehydratoidaan tavallisesti lyofilisoinnilla, mutta silti vettä on olemassa vaihtelevassa määrin riippuen kovalenttisesta sitoutumiskapasiteetista. Siksi toimitetut peptidit sisältävät tyypillisesti TFA-suoloja ja pieniä määriä vettä, joita ei voida havaita HPLC:llä, mikä johtaa eroihin peptidipitoisuudessa ja puhtaudessa.
