Salattu kirjasto

Salattu kirjasto|Tutustu peräkkäisiin tehosteisiin|Toiminnallisten versioiden seulonta|Peptidikirjaston räätälöinti|Tiede{0}}peptidi

Proteiinien ja peptidien tutkimuksessa aminohapposekvenssien järjestys määrää usein niiden rakenteen ja toiminnan. Kun sinulla on jo aktiivinen emopeptidi ja haluat tutkia sekvenssin vaikutusta aktiivisuuteen tai löytää uusia sekvenssejä, joilla on samanlainen toiminto ja samalla säilyttää aminohappokoostumus muuttumattomana, Scrambled Library (Shuffled Peptide Library) on ihanteellinen työkalu. Yli 20 vuoden kokemukseen peptidisynteesistä perustuen Science-Peptide tarjoaa sinulle räätälöityjä Scrambled-kirjaston rakennuspalveluita - hajottamalla satunnaisesti tietyn sekvenssin aminohapposekvenssin tai yhdistämällä useita emopeptidifragmentteja monimuotoisen sekvenssikokoelman luomiseksi, mikä on hyödyllistä konformaatiosuhteiden tutkimuksissa, funktionaalisten ligandien löytämisessä ja uusien ligandien löytämisessä.

Sekoitettu kirjasto viittaa peptidien seokseen, joka on konstruoitu järjestämällä satunnaisesti uudelleen niiden aminohappojärjestys tai fragmenttiyhdistelmät käyttämällä yhtä tai useampaa emopeptidisekvenssiä templaatteina. Toisin kuin täysin satunnaistetuissa peptidikirjastoissa, Scrambled-kirjaston aminohappokoostumus on usein rajoitettu (esim. pitämällä emopeptidin aminohappolajit ja lukumäärä vakiona ja vain häiritsemällä järjestystä), joten peräkkäisiä vaikutuksia voidaan tutkia samalla kun koostumusta kontrolloidaan. Tällaisia ​​kirjastoja voidaan käyttää:

Avaintähteiden sijaintiriippuvuuden määrittäminen emopeptidissä
Vaihtoehtoisten peptidien seulonta, joilla on samanlaiset aktiivisuudet, mutta erilaiset sekvenssit
proteiinin rakenteellisten domeenien tai modaliteettien peräkkäisen säilymisen tutkiminen
peptidien stabiilisuuden, affiniteetin tai selektiivisyyden optimointi

 

Salatut kirjastot voidaan luokitella kahteen tyyppiin sen mukaan, miten ne on suunniteltu:
Täysi sekvenssin uudelleenjärjestelykirjasto: Emopeptidin aminohapposekvenssi on täysin satunnaistettu kaikkien mahdollisten permutaatioiden (tai satunnaisen näytteenoton) muodostamiseksi. Esimerkiksi 5-peptidi (sisältää 5 erilaista aminohappoa) voi tuottaa 120 permutaatiota.
Fragmenttien uudelleenjärjestelykirjasto: Alkupeptidi tai homologinen sekvenssi jaetaan useisiin fragmentteihin, ja sitten nämä fragmentit yhdistetään satunnaisesti kimeeristen sekvenssien tuottamiseksi.

Scrambled-kirjaston rakentamisen ydin on siinä, kuinka synteesissä saavutetaan todellinen "satunnainen uudelleenjärjestely" samalla kun kirjaston kokoa ja sekvenssijakaumaa ohjataan. Käytämme kombinatorista synteesistrategiaa yhdistettynä kiinteän-faasin peptidisynteesiin luodaksemme tarkasti-laadukkaita salattuja kirjastoja puolestasi.

1. Suunnittelukonsultointi
Annat emopeptidisekvenssin (yksi tai useita) ja uudelleenjärjestelysäännöt (sallitaanko aminohappojen kaksoiskappaleet, pidetäänkö aminohappokoostumus muuttumattomana, kuinka fragmentit jaetaan jne.). Tekninen tiimimme suosittelee tavoitteesi mukaan sopivinta uudelleenjärjestelystrategiaa ja arvioi teoreettisen kirjastokapasiteetin ja synteesin toteutettavuuden.

2. Sekvenssijoukon luominen
Suunnittelusta riippuen generoimme algoritmisesti kaikki mahdolliset permutaatiot tai suoritamme satunnaisotantaan kirjaston koon ohjaamiseksi. Suurille kirjastoille (esim. yli 10⁶) voidaan käyttää "mix{4}}and-match synteesi" -strategiaa, jossa aminohappoyhdistelmiä lisätään satunnaisesti synteesin aikana sen sijaan, että jokainen sekvenssi luodaan etukäteen.

3. Synteettiset strategiavaihtoehdot
Yksi-yksi-synteesimenetelmä: Kun kirjasto on pieni (esim<1000 species), each sequence can be synthesized separately and mixed to make a library. This method makes the sequences clear and easy for subsequent analysis.

Sekasynteesi: Scrambled-kirjastolle, jolla on suuri kirjastokapasiteetti, kytkeimme samanaikaisesti useita aminohappoja kussakin muuttuvassa asemassa (sekoitettiin suunnitellun suhteen mukaan) ja saimme kaikkien sekvenssien seoksen yhdellä synteesikierroksella. Tämä menetelmä on erittäin tehokas, mutta vaatii aminohappojen sekoitussuhteen tarkan säätelyn sekvenssijakauman tasaisuuden varmistamiseksi.

Fragmenttien kytkentämenetelmä: Fragmenttien uudelleenjärjestelykirjastoissa jokainen fragmentti syntetisoidaan erikseen, ja sitten fragmentit kootaan satunnaisessa järjestyksessä hartsille kimeeristen kirjastojen saamiseksi.

4. Laadunvalvonta
HPLC-analyysi: Tarkkaile peptidikirjaston yleistä jakautumista ja varmista, ettei siinä ole ilmeistä hallitsevaa huippua (synteesin vääristymisen välttämiseksi).
Massaspektrometrinen tunnistus: Varmista, että molekyylipainoalue on yhdenmukainen teoreettisen jakauman kanssa.
Aminohappokoostumuksen analyysi: Varmista, että yleinen aminohapposuhde uudelleenjärjestelyn jälkeen on suunnitelman mukainen.

5. Toimitusmuoto
Tarjoa lyofilisoitua jauhetta (voi sisältää kantajaa), liuosta tai yhdistettynä biotiiniin, fluoresoiviin markkereihin, kantajaproteiineihin jne. tarpeen mukaan, jotta helpotetaan suoraa käyttöä seulonnassa.

Rakenne{0}}vaikutussuhdetutkimukset

Kun huomaat, että peptidillä on tietty aktiivisuus ja haluat tietää, onko aminohapposekvenssi kriittinen, Scrambled-kirjaston rakentaminen ja seulonta voi nopeasti tunnistaa peräkkäiset motiivit, jotka ylläpitävät aktiivisuutta, tai määrittää, mitkä paikat ovat kriittisiä toiminnalle.

Toiminnallinen optimointi ja vaihtoehtoisten peptidien kehittäminen

Joissakin tapauksissa emopeptidi ei ehkä sovellu suoraan käyttöön huonon stabiiliuden, korkean immunogeenisyyden tai synteesivaikeuksien vuoksi. Rakentamalla Scrambled-kirjasto on mahdollista seuloa vaihtoehtoisia peptidejä, joilla on samanlaiset toiminnot, mutta paremmat sekvenssit.

Epitooppimallinnus ja rokotteiden suunnittelu

Konformationaalisten epitooppien aktiivisuus on riippuvainen erityisistä tilajärjestelyistä. Rakentamalla Scrambled-kirjasto, joka perustuu tunnettuihin epitooppisekvensseihin, lineaarisia peptidejä, jotka jäljittelevät luonnollisten epitooppien konformaatiota, voidaan seuloa käytettäväksi rokotteen kehittämisessä tai diagnostisissa reagensseissa.

Proteiinin vuorovaikutusrajapinnan resoluutio

Proteiini-proteiinivuorovaikutuksissa sitoutumisrajapinta koostuu usein useista avaintähteistä, joiden suhteellinen asema voi olla tärkeä. Rajapintasekvenssien skannaus uudelleenjärjestelykirjastoa käyttämällä voi paljastaa tähteiden kohdistuksen vaikutuksen sitoutumisaffiniteettiin.

Peptidilääkeseulonta

Pääpeptidin optimointivaiheessa Scrambled-kirjaston rakentaminen voi auttaa tutkimaan sekvenssiavaruutta ja tunnistamaan variantteja, joilla on korkeampi aktiivisuus tai parempi selektiivisyys.

1. Ammattimainen suunnittelukokemus
Olemme rakentaneet erilaisia ​​Scrambled-kirjastoja monille kotimaisille ja ulkomaisille lääkeyhtiöille ja tutkimuslaitoksille, jotka kattavat antimikrobiset peptidit, soluihin{0}}tunkeutuvat peptidit, reseptoriligandit ja muun tyyppiset peptidit. Ymmärrämme eri tutkimustavoitteiden vaatimukset ja voimme antaa ammattimaista neuvontaa uudelleenjärjestelystrategioista.

2. Joustavat synteesistrategiat
Kirjaston koosta ja sekvenssin monimutkaisuudesta riippuen voimme joustavasti valita yhden-yhdeltä-synteesin, hybridisynteesin tai fragmenttikokoonpanon löytääksemme tasapainon kustannusten, sykliajan ja laadun välillä. Kirjastojen laajamittaista-uudelleenjärjestelyä varten meillä on kypsä "hybridisynteesi"-prosessi varmistaaksemme sekvenssijakauman yhdenmukaisuuden.

3. Tiukka laadunvalvonta
Rutiininomaisen HPLC:n ja MS:n lisäksi suosittelemme erityisesti NGS-validointia, joka antaa sinulle kvantitatiivisia tietoja sekvenssijakaumasta, jotta sinulla on selkeä käsitys kirjaston laadusta. Kaikki laadunvalvontatulokset on koottu COA-raporttiin selkeän jäljitettävyyden takaamiseksi.

4. Keskitetty-piste
Suunnittelusta, synteesistä, laadunvalvonnasta myöhempien sovellusten tukeen (esim. merkintä, kytkentä) olemme mukana koko prosessissa varmistaaksemme, että Scrambled-kirjasto sopii saumattomasti seulonta-alustaan. Voimme myös auttaa sinua positiivisten kloonien tunnistamisessa ja uudelleen-synteesissä seulonnan jälkeen.

5. Immateriaalioikeuksien suoja
Kaikki projektit ovat allekirjoittaneet salassapitosopimuksen, emopeptidisekvenssisi, suunnittelukonseptisi ja tutkimustavoitteesi ovat vain projektitiimin tiedossa ja tiedonhallinta täyttää tietoturvastandardit.

Halusitpa sitten tutkia alkuperäisen peptidin peräkkäisiä mysteereitä tai vaihtoehtoisia sekvenssejä, joissa on parempi toiminnallisuus, Scrambled-kirjasto voi avata sinulle uusia tutkimusulottuvuuksia.Science-Peptide odottaa innolla yhteistyötä kanssasi tarjotakseen luotettavaa tukea projekteillesi ammattimaisen synteesitekniikan ja tiukan laadunvalvonnan avulla.